Nous sommes à bord d'un vaisseau klingon et l'un des représentants de cette espèce est en train de prononcer un discours. Par le biais de ce dernier, il cherche à convaincre ses pairs de suivre la voie tracée, il y a fort longtemps, par Kahless afin de réunir les 24 maisons klingonnes pour lutter contre un ennemi mortel qui affirme "venir en paix".
Dans le même temps, nous faisons la connaissance du Capitaine Philippa Georgiou et de son Commander Michael Burham qui sont en mission sur une planète désertique. Elles ont pour but de rendre à nouveau accessible le puits de la planète pour la race y habitant, les Crépusculiens, sans déroger à la Directive Première. Une directive établie par la Fédération et qui vise à empêcher ses membres de faire usage de leur technologie devant des races moins avancées. La mission est une réussite mais une tempête de sable s'est levée et elles ne peuvent plus envoyer de signal à leur vaisseau en orbite, le Shenzou. Philippa fait alors marcher Michael pour dessiner dans le sable le motif de Starfleet afin qu'il soit visible depuis l'espace et que l'équipage puisse les localiser. C'est une réussite et les deux femmes regagnent le vaisseau. La mission suivante de l'équipage consiste à se rendre près d'une station relais, située aux confins du territoire de la Fédération, qui a été endommagée. L'officier Saru estime que les dégâts causés ne sont pas liés à une collision avec des débris spatiaux mais qu'ils ont été volontairement infligés. La zone est donc scannée et un objet étrange, possédant un champ magnétique et de fortes radiations, est détecté. Michael convainc Georgiou de la laisser se rendre à bord de cet étrange objet. Là, elle est attaquée par une sentinelle klingon qu'elle est obligée de tuer pour se défendre. Au cours de la bataille, son casque est cassé et elle est gravement irradiée. Inconsciente, elle revoit des souvenirs de son enfance passée sur Vulcain et des exercices auquel Sarek, son père adoptif, l'a soumise. Elle se rappelle tout particulièrement d'une séance au cours de laquelle lui sont montrées des images de Klingons, ce qui provoque en elle une vague d'émotions l'empêchant de se concentrer. Sarek apparaît alors et lui explique que les émotions bloquent sa logique. Repêchée in extremis par le Shenzou, elle reprend conscience dans une chambre antiprotons et abrège ses soins pour se rendre sur la passerelle afin d'avertir son Capitaine de ce qui s'est passé. Une nécessité compte tenu du fait qu'elle était coupée de tout contact avec ses camarades pendant sa mission à cause du champ magnétique entourant l'objet qui s'est finalement avéré être un vaisseau klingon. Si Saru ne la croit pas, Philippa la prend au sérieux et ordonne que les armes du Shenzou soient activées.
En parallèle, le cadavre du Klingon tué par Burnham est rapatrié à bord du vaisseau amiral de T'Kuvma. Celui-ci souligne que sa mort est glorieuse car assimilée à un sacrifice nécessaire pour enquêter sur leurs ennemis. Le corps est ensuite placé dans un sarcophage largué dans l'espace avec pour vocation de devenir un mausolée. Peu après, le vaisseau enlève son occulteur et devient visible aux yeux du Shenzou.
A bord du vaisseau klingon, T'Kuvma essaye de rallier ses troupes mais Or'Eq, le frère du défunt, doute de lui et son plan. Il est alors remis à sa place par un klingon à la peau pâle, Voq, qui insiste sur le bien-fondé de l'action de son leader. Il est récompensé de son dévouement en devenant le bras droit de T'Kuvma. Ce dernier en fait même le porteur de la lumière de Kahless après qu'il ait montré sa dévotion en se brûlant la main. Du côté de la Fédération, cette dernière est avertie de la situation par Philippa qui a pris contact avec l'amiral Anderson. Ce dernier insiste pour que le Shenzou ne fasse pas feu mais cherche à converser, voire négocier si besoin, avec l'ennemi. Michael brise alors la chaîne de commandement en insistant sur la nécessité de faire feu et détruire le vaisseau klingon. Elle est alors remise à sa place par l'amiral qui ordonne à la Capitaine de rester en stand by et de tout faire pour éviter la guerre. Georgiou est inquiète car le Shenzou est le seul vaisseau positionné entre la colonie andorienne, la colonie de la Fédération la plus proche, et l'ennemi. Elle craint que si un conflit ne se déclare, elle ne puisse pas faire face à la puissance de feu de son adversaire et craint aussi de ne pouvoir défendre les Andoriens. Elle sait que l'amiral va envoyer du renfort mais cela prendra du temps. Michael, cependant, est toujours contre l'idée de rester les bras croisés et insiste pour attaquer alors que Saru et Georgiou pensent différemment. Philippa persiste à vouloir suivre les ordres et Michael demande à quitter la passerelle, ce qui lui est accordé.
Elle regagne alors sa chambre où elle prend contact avec Sarek pour lui faire part de la situation et lui demander comment les Vulcains ont fait pour mater les Klingons à leur première rencontre. Sarel lui explique qu'elle ne plaira pas à Starfleet et accepte de la lui communiquer non sans l'avoir mise en garde contre le fait que ses émotions vis-à-vis des Klingons, qui ont tué ses parents, ne la poussent à agir sans réfléchir. Après sa conversation avec son père, elle regagne la passerelle et explique à Philippa que les Vulcains ont attaqué sans préambule le premier vaisseau klingon qui ait croisé leur route. Elle argue que c'est ainsi que les Klingons savent qui craindre et qu'ils ne comprennent que la violence. Philippa argue qu'elle veut agir ainsi à cause de ce que les Kliongs ont fait à ses parents mais elle réfute et continue à contrarier sa supérieure en public. Philippa lui ordonne alors de la suivre à son bureau où elle lui ordonne de se reprendre. Michael semble accepter puis, profitant du fait qu'elle lui tourne le dos, lui fait une prise vulcaine qui la fait s'évanouir. Elle regagne alors la passerelle où elle cherche à convaincre Saru que Philippa a ordonné d'ouvrir le feu. Saru résiste et exige de voir la Capitaine mais Burnham s'y refuse. Alors que les membres de la passerelle sont sur le point d'exécuter l'ordre, Philippa fait irruption en menaçant Michael et en donnant un contre ordre. Elle fait alors placer son Commander en cellule pour insubordination et Michael lui certifie qu'elle fait là une erreur. Au même moment, de nombreuses signatures indiquant l'arrivée de vaisseaux apparaissent sur l'écran principal.. A la grande horreur de tous, il ne s'agit pas de la flotte de la Fédération mais de celle des 23 maisons klingonnes qui répondent à l'appel lancé par T'Kuvma un peu plus tôt...